يتوخى الاتحاد تحقيق الأهداف الآتية :
التعريف بسمو التعاليم الإسلامية والعمل على نشرها مع التأكيدعلى شتى مزايا الحضارة الإسلامية ومدى انسانيتها.
تعزيز ودعم تطبيق مبدأ "الشورى" الإسلامي في جميع الدول الأعضاء في منظمة التعاون الإسلامي، مع مراعاة دستور كل دولة عضو وظروفها ،
توفير إطار لتحقيق تعاون وتنسيق شاملين مثمرين فيما بين مجالس الدول الأعضاء في منظمة التعاون الإسلامي ، في المحافل والمنظمات الدولية ،
تعزيز اللقاءات والحوار فيما بين مجالس دول منظمة التعاون الإسلامي ، وفيما بين أعضاء هذه المجالس ، وتبادل الخبرات البرلمانية ، ومناقشة القضايا الاقتصادية والثقافية والاجتماعية والسياسية التي تهـم الدول الأعضاء في منظمة التعاون الإسلامي ، والتصدي للتحديات الخطيرة التي تواجهها، والحد من محاولات فرض الهيمنة الثقافية والسياسية والاقتصادية عليها ، واتخاذ التوصيات والمقررات الملائمة بشأن مثل هذه القضايا ،
تدعيم الاتصال والتعاون والتنسيق مع سائر المنظمات البرلمانية والمنظمات الحكومية وغير الحكومية ، بغية بلوغ الغايات المشتركة ،
تعزيز التنسيق فيما بين شعوب العالم بقصد احترام حقوق الإنسان والمبادىء الإنسانية والدفاع عنها، وإرساء أركان السلم القائم على العدل .
التأكيد على أنه ليس في النظام الأساسي ما يسوغ للاتحاد و أجهزته أن تتدخل في الشئون التي تكون من صميم السلطان الداخلي لدولة ما وکل ما له صلة بتلك الشؤون طبقا لميثاق منظمة التعاون الإسلامي وميثاق منظمة الأمم المتحدة.