تمثل الأمانة العامة الجهاز الخامس من أجهزة الاتحاد ، ومقرها طهران . وتقوم الأمانة العامة بالمهام التالية:
تيسير الاتصالات المستمرة فيما بين أعضاء الاتحاد ، وبين الاتحاد والبرلمانات ، وبينه وبين غيره من الهيئات والمنظمات الإقليمية والدولية الأخرى.
تولي الشئون المالية والإدارية للاتحاد
إعداد المواضيع التي يدرسها المؤتمر والمجلس وكذلك إعداد الوثائق والتقارير والمضابط والمراسلات اللازمة.
العناية بمحفوظات الاتحاد.
إبلاغ أعضاء الاتحاد وسائر الهيئات المعنية بما يتخذه المؤتمر والمجلس من قرارات ومقرارات وتوصيات.
اتخاذ التدابير اللازمة لكفالة تنفيذ مايقرره الاتحاد.
يرأس الأمين العام أمانة الاتحاد .
يقوم المجلس بانتخاب الأمين العام بترشيح من أعضاء الاتحاد . ويتولى مهام منصبه لفترة مقدارها أربعة أعوام ، قابلة للتجديد مرة واحدة.
مع مراعاة التوزيع الجغرافي العادل يقترح الأمين العام على المجلس تعيين الأمناء العاميين المساعدين والمديرين وكبار المسئولين الآخريين .
وتتكون الأمانة العامة حالياً من الأفراد الآتية أسماؤهم :-